سید على حسینی خامنه‌ اى فرزند مرحوم حجت‌الاسلام‌ و المسلمین حاج سید جواد حسینى خامنه‌ اى، در سال ۱۳۱۸ شمسی برابر با ۱۳۵۸ قمرى در مشهد مقدس چشم به دنیا گشود. او دومین پسر خانواده بود و زندگى مرحوم سید جواد خامنه‌اى هم مانند بیشتر روحانیون و مدرسان علوم دینى، بسیار ساده: «پدرم روحانى معروفى بود، اما خیلى پارسا و گوشه‌گیر [...] زندگى ما به‌سختى مى‌گذشت. من یادم هست شب‌هایى اتفاق مى‌افتاد که در منزل ما شام نبود. مادرم با زحمت براى ما شام تهیه مى‌کرد. [...] آن شام هم نان و کشمش بود.» 

امّا خانه اى را که خانواده سیّد جواد در آن زندگى مى کردند، رهبر انقلاب چنین توصیف مى کنند: 
«منزل پدرى من که در آن متولد شده ام، تا چهارـ پنج سالگى من، یک خانه ۶۰ ـ ۷۰ مترى در محّله فقیر نشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیر زمین تاریک و خفه اى! هنگامى که براى پدرم میهمان مى آمد (و معمولاً پدر بنا بر این که روحانى و محل مراجعه مردم بود، میهمان داشت) همه ما باید به زیر زمین مى رفتیم تا مهمان برود. بعد عدّه اى که به پدر ارادتى داشتند، زمین کوچکى را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما داراى سه اتاق شدیم.» 
رهبرانقلاب از دوران کودکى در خانواده اى فقیر امّا روحانى و روحانى پرور و پاک و صمیمی، اینگونه پرورش یافت و از چهار سالگى به همراه برادر بزرگش سید محمد به مکتب سپرده شد تا الفبا و قرآن را یاد بگیرند. سپس، دو برادر را در مدرسه تازه تأسیس اسلامى «دارالتعّلیم دیانتى» ثبت نام کردند و این دو دوران تحصیل ابتدایى را در آن مدرسه گذراندند.